Grundvattennivån längs tunnelsträckningen kontrolleras noga. Vid arbeten i öppet schakt återinfiltreras pumpvatten när det finns risk för temporära sänkningar. Det är en vanlig teknik vid större byggen i städer.
Tunneln kommer att borras med två sköldade tunnelborrningsmaskiner. Vid större vatteninflöden och borrning vid sättningskänsliga områden sker borrningen under tryck mot fronten. Alla byggnader nära Citytunneln kontrolleras före, under och efter bygget med hjälp av ett system med över 1 000 kontrollpunkter.
Ett av villkoren för Citytunnelprojektet är att grundvattnet hålls på godkända nivåer under hela byggtiden. Byggnader och växtlighet får inte skadas. Nivåerna regleras av domen från Miljödomstolen.