Citytunneln utformas så att den är minst lika säker som andra moderna järnvägsanläggningar i Sverige. Tåg med farligt gods liksom dieseldrivna tåg kommer inte att tillåtas i Citytunneln.
Den 6 kilometer långa tunneln består av två parallella tunnelrör som är förbundna med tvärtunnlar med cirka 350 meters mellanrum. Tvärtunnlarna underlättar utrymning och släckning om en olycka inträffar eller en brand uppstår i något av tunnelrören. Det kommer att finnas nedgångar avsedda för räddningsarbete vid Kung Oscars väg och Stadiongatan. Dessa gör det möjligt för räddningsmanskap att snabbt nå tunneln från marknivån.
Läs mer om säkerhet.