Övervakning av trafik och teknik när anläggningen är i drift kommer att ske via Banverkets driftledningscentral som är bemannad dygnet runt.
Citytunnelns säkerhetssystem består bland annat styr- och övervakningssystemet SCADA (Supervisory Control And Data Acquisition), nödbelysning, nödtelefoner, nödskyltning, brandlarm och inbrottslarm. SCADA-systemet övervakar de övriga systemen och samlar in brandlarm och fellarm, som skickas till driftledningscentralen. SCADA-systemet kan även samordna styrningen av olika åtgärder, exempelvis för att insatser snabbt ska kunna utföras vid en olycka. Nödbelysningen underlättar och vägleder vid utrymning. Den är alltid påslagen.
Nödtelefoner i Citytunneln är avsedda för kontakt med trafikledningscentralen i samband med nödsituationer. Nödskyltningen markerar var nödtelefoner, utrymningsvägar och brandposter är placerade. Skyltarna anger också avståndet till närmaste utrymningsväg. Brandlarmsystemets uppgift är att på ett så tidigt stadium som möjligt upptäcka brand samt ge driftpersonal och räddningstjänst överblick över situationen. Inbrottslarm på dörrar och grindar skyddar mot, och slår larm vid, obehörigt tillträde. Även tunnelmynningarna är övervakade mot obehörigt tillträde.